Microbiome Data Visualization
Do you know how to read
.qzafile?
## Reading and exploring Artifacts (.qza)
SVs <- read_qza(file = "data/feature_table.qza", tmp = "data/tmpdir", rm = TRUE)
SVs$data[1:4,1:4]
otu_table(q2_ps)[1:4,1:4]
## Reading metadata
read_q2metadata("data/sample_metadata.tsv")[1:5, 1:5]
read_tsv("data/sample_metadata.tsv", comment = "#q2:types", show_col_types = FALSE)[1:5, 1:5] %>%
rename(SampleID="#SampleID")
## Reading taxonomy
taxonomy<-read_qza("data/taxonomy.qza")
head(taxonomy$data)
## Parse tidy taxonomy only
taxonomy<-parse_taxonomy(taxonomy$data)
head(taxonomy)
Citation
Please consider citing the iMAP article[1] if you find any part of the IMAP practical user guides helpful in your microbiome data analysis.
References
[1]
Buza, T. M., Tonui, T., Stomeo, F., Tiambo, C.,
Katani, R., Schilling, M., … Kapur, V. (2019). iMAP: An integrated
bioinformatics and visualization pipeline for microbiome data analysis.
BMC Bioinformatics, 20. https://doi.org/10.1186/S12859-019-2965-4
Appendix
Project main tree
.
├── LICENSE
├── PCoA.pdf
├── README.md
├── Rplots.pdf
├── Shannon_by_person.pdf
├── VennDiagram.2023-04-05_01-21-26.log
├── VennDiagram.2023-04-05_01-23-15.log
├── config
│ ├── config.yml
│ ├── pbs
│ │ ├── cluster.yaml
│ │ └── config.yaml
│ ├── samples.tsv
│ ├── slurm
│ │ ├── cluster.yaml
│ │ └── config.yaml
│ └── units.tsv
├── dags
│ ├── rulegraph.png
│ └── rulegraph.svg
├── data
│ ├── feature_table.qza
│ ├── metadata.csv
│ ├── rooted_tree.qza
│ ├── sample_metadata.tsv
│ ├── shannon.csv
│ ├── shannon_vector.qza
│ ├── taxonomy.qza
│ └── tmpdir
├── figures
│ ├── shannon_by_time.pdf
│ ├── shannon_by_time.png
│ ├── shannon_by_time.svg
│ ├── venn_metadata_shannon.pdf
│ ├── venn_metadata_shannon.png
│ └── venn_metadata_shannon.svg
├── images
│ ├── bioinformatics.png
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│ └── rulegraph.png
├── imap-data-visualization.Rproj
├── index.Rmd
├── library
│ ├── apa.csl
│ ├── export.bib
│ ├── imap.bib
│ └── references.bib
├── report.html
├── requirement.txt
├── results
│ └── project_tree.txt
├── smk.css
├── styles.css
└── workflow
├── Snakefile
├── envs
│ ├── environment.yml
│ ├── mothur.yml
│ └── qiime220232.yml
├── report
│ ├── barplot.rst
│ ├── boxplots.rst
│ ├── hcluster.rst
│ ├── heatmaps.rst
│ ├── nmds.rst
│ ├── pcaordi.rst
│ ├── pcoaordi.rst
│ ├── sample_venn.rst
│ ├── scatter.rst
│ ├── shannon_div.rst
│ └── workflow.rst
├── rules
│ ├── qiime2_viz.smk
│ ├── render_index.smk
│ ├── rmd_report.smk
│ └── rules_dag.smk
└── scripts
├── README.md
├── common.R
├── import_qiime2_data.R
├── plot_line_point_errorbar.R
├── plot_venn_metadata_shannon.R
├── qiime2R.R
├── qiime2_phyloseq_object.R
├── render.R
├── rules_dag.sh
├── smk_html_report.sh
└── tree.sh
15 directories, 75 files

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